儘管今日基督教主事者不時倡導寬容，不過必須回顧，基督教的傳統之一就是不容異己。基督教不同於大部分當今的宗教，使徒保羅的時代開始，就是一門排外的宗教，它禁止信眾崇拜他神，或參與異教行為。它也是一門普救論（universalistic）的宗教，宣稱自己是全人類唯一真正的宗教。雖然猶太教也排外，卻不是普救論──非猶太族裔者無法像一般那樣選擇這個宗教。基督教則完全相反，它宣揚自己是唯一正當的宗教，任何人都能信。它是唯意志論（voluntaristic）的宗教，認為人有選擇的自由，而且應該作選擇。因此，基督教也是勸誘改宗的（proselytizing）宗教，他們想辦法說服人們，其他的宗教很邪惡、著實該受譴責。
幾世紀以來，基督教教會的主要使命就是要讓異教徒改變信仰，異教徒是指所有其他宗教的信徒。讓異教徒改變信仰的同時，那些通曉「真信仰」的人開始挑戰教會的教條，當中的某些特定人士不僅失去教籍，還被趕盡殺絕（聖托馬斯．阿奎那〔St. Thomas Aquinas〕權威的要求下）。
一直要到宗教改革（Reformation）時期，基督教排除異己的行為才稍稍漸趨和緩。中歐早年顯現的寬容，初期僅適用於王公諸侯，其子民必須跟著統治者一齊信奉天主教或路德宗（Lutheran），這是根據1555年的奧格斯堡和約（Peace of Augsburg）當中的教隨國立〔cuius regio, eius religio〕信條。在加爾文改革宗教會（Calvinist Reformed Church）影響下的不同領地，加爾文教的居民有時也會因此受到寬容，但是信奉所謂的「激進」改革派──重浸派（Anabaptists）與哈特宗派（Hutterites），以及之後的蘇西尼派（Socinians）與普救派（Unitarian）的信徒則持續遭到迫害；同一時間，甚至連啟蒙時期的哲學家，如約翰．洛克（John Locke）的寬容理論都還完全無法接受無神論者。
像在這樣宗教多元的社會裡，防止社會分裂的最佳保證不是從強制性的宗教同一政策中獲得，而是要確立宗教寬容，使之成為超越所有宗教教義與信仰的原則。
最終，宗教改革所擁護的「開放聖經」（“open Bible”）以及「凡信徒皆能擔任神職」（“the priesthood of all believers”）的信條一步步消耗掉傳統基督教奉為金科玉律的不寬容原則。異議團體獲得了有限的權利，他們可以用自己想要的方式來作禮拜，最為顯著的就是英國統治者威廉與其妻瑪莉在1689年推動的法案。限制依舊存在，只是逐步鬆綁，在接下來的兩百年後才終於撤銷。歐洲的統治階層逐漸拋棄這樣的理論：認為社會的凝聚力都是靠著對宗教同一性的堅持。這套經驗在美國顯現得更直接，不同的宗教人口（很多是在歐洲遭受宗教迫害的流亡者）勢必得相互接納。像在這樣宗教多元的社會裡，防止社會分裂的最佳保證不是從強制性的宗教同一政策中獲得，而是要確立宗教寬容，使之成為超越所有宗教教義與信仰的原則。舊時代的歐洲認為宗教有強制的必要，相反地，美國則認為宗教寬容原則是多元宗教人口國家當中，不可或缺的社會凝聚力。因此，就美國而言，寬容與宗教自由才是任何單一宗教體系的最高指導原則。正是因為世俗國家的誕生，讓宗教的權利有了初步的保證，它的統治階級不會去建立宗教，也不會去彰顯自己對某宗教的偏好。
