各種不同的關切已經激起了對山達基的反對，包括那些通常跟一般新宗教有關係的人。
首先，山達基之所以可能引起的懷疑，是因為它聲稱可以運用理性的步驟來引導出一個人內在靈性的洞察力。那些致力於傳統宗教的人，一般都認為宗教的價值是超越所有理性領域的。認為宗教的真理或者靈性益處可以用技術方式來領悟，這個觀念可能就冒犯了他們 ── 他們除了空洞的道德和崇拜的觀念以外，沒有其他的方法了。在科學、技術和經濟上的理性步驟和系統化學習，這種特性並不是古代宗教的真理或靈性經驗所要追求的。因為山達基把靈性目標、理性和技術（而且是真的技術）方法連接了起來，這意味著那些奉獻於固有宗教的人，會傾向於譴責它不是「真正的」宗教。他們將它看作是虛假的，因為它運用了現代知識，而不是古老的方法，它壓縮或放棄了被一般宗教視為神聖和儀式的概念，並且在追求宗教的目標上採用了務實的方向。先不管所有宗教組織都必須有的宗教賜予和捐助的必要程度，他們也認為山達基的擁護者必須按照指示來支付費用，太商業化且太像是生意，這樣太直接地支付服務費用，對宗教是不適當的。因此，山達基這種經濟上的安排，就被認為是剝削，所以不符合宗教的資格。然而，提出這些責難的人沒有意識到，在建立教會時，其迫切的財務需求，那無可避免地必須從教會的擁護者身上籌措，就像大眾在天主教教會主持的彌撒所付出的費用、在某些新教派立約的承諾，或是過去在主要教會的什一稅一樣，現在仍然存在於為數眾多的基督教派當中。這些財務徵收的方式看起來不一樣，但理由只是因為那些付款程序被大多的古老習俗，或是被聖經的許可給神聖化了。那些批評山達基教會經濟安排的評論家，忽略了其與傳統宗教在經濟程序上基本功能的相似性，僅僅是形式上的不同，其往往包裹在古老神聖的美德之中。
再者，山達基承諾了一個人可以從過去經歷的創傷影響中解脫出來的療效好處。那樣的承諾對於傳統上使用精神科藥物的執業醫師來說，對其專業上理論的假設，以及特別是對他們所使用的技術，都可能是一種挑戰。因此，那些神職人員和精神科醫生，這兩者可以說是既得利益團體的專業人士，很可能就會去挑撥人反對山達基，而且他們各自在同性質的職業上都擁有更廣大的支持者（例如教師和內科醫生等），更廣泛地，還有那些受他們影響的普羅大眾。
第三，有些接受了山達基而決定要進一步去訓練成為合格山達基聽析員的人，放棄了比較傳統的職業機會。對於不熟悉山達基的父母、親戚和朋友們來說，他們可能會把這樣的決定當做是一個警訊。如果在這樣的一個宗教選擇之後，他們跟家人和朋友疏遠了，有時候會有這樣的狀況發生，這就提供了反對者更進一步的事實來反對這個新宗教 ── 在他們的眼中，它就變成了「破壞家庭的異教團體」。
相對的，山達基教會則認為人類精神上的益處是有可能在當下的生命中實現的。它主張所有人都是本性善良的，而且教導每個人都應該要為他自己的生活和行動負起責任。
第四，一個更概括及擴散的山達基文化倫理層面，可能激起更進一步的對立。傳統的基督教繼承了廣泛的清苦世界的定位，而且已經建立了遠遠超越教會或它們會眾對於真正宗教的基本特質所做的假設性限制，也就是說宗教一定要是嚴肅的、促進簡樸的倫理，而且要能承諾犧牲他在塵世的舒適，使他得以準備於死後得到回報。它所熱衷的就是灌注人類這種認知：他是有罪的，且他沒有能力以自己的努力來獲得拯救。而人只能順從地依靠救世主。相對的，山達基教會則認為人類精神上的益處是有可能在當下的生命中實現的。它主張所有人都是本性善良的，而且教導每個人都應該要為他自己的生活和行動負起責任。對於教會而言，一個拒絕去接受人類是有罪的宗教，就已經是一種冒犯。但是這個挑戰並沒有因為山達基所擁抱的倫理，更接近20世紀晚期、世俗西方世界所盛行的社會思潮而減輕，這種社會思潮對享樂主義（hedonism）寬容，強調人類的幸福，並且鼓勵人們去實現他們所有的潛能。甚至有許多非宗教界的人，他們接受了世俗享樂主義導向的世界，並沒有準備好，要去承認那個放棄嚴肅譴責人類都是罪人的教義是一個宗教，而且他們可能也沒有意識到要接受傳統基督教的處境，但是，他們依然反對在本質上有差異的宗教。因此，就因為有些人還沒準備好要放棄傳統的世界觀點，又因為其他人相信（雖然他們自己並不支持那樣的倫理）那是宗教該做的事，於是一般大眾中那些差異很大的族群，就會被結合在一起來反對山達基這個新宗教。
