山達基教會是一個有組織和管理層級的宗教體系。在層級結構的最底層是外圍聽析員和戴尼提團體。在其之上的層級包括山達基中心,提供基本的戴尼提和山達基服務。這些是傳教的駐點,目的是為了接觸新成員。當中心逐漸壯大並擴展其活動,接著通常會成為山達基教會。山達基教會的牧師提供的服務有處理會眾在婚姻、家庭和其他方面的問題,並主持山達基的宗教儀式,如命名儀式、婚禮和葬禮。他們也舉辦週日禮拜。
聖崗機構則是中央教會,專門提供高階的聽析員訓練。洛杉磯、雪梨、英國的東格林斯特德鎮和哥本哈根皆有這樣的中央教會。全世界山達基的靈性指揮總部是在佛羅里達州 ── 清水鎮的旗艦服務機構,它提供最高階的宗教服務。旗艦船服務機構提供所有聽析當中最高階的聽析(OT八), 它的訓練所在地是位於加勒比海的自由風之船。
洛杉磯的國際山達基教會擔任母教會的功能,負責計畫全球性的教會宣傳活動、編纂訓練教材,以及把賀伯特的宗教經典翻譯成多國語言。